移动厕所的空气污染也是不容忽视的问题。污浊有臭味的空气不仅影响如厕人的感官，而且影响身体健康。同时对周围居民、人群、环境也造成不良影响。室内生物性污染危害主要可分为生物性过敬原，细菌、病毒等病原微生物及真菌毒素的污染危害三类。室内空气微生物污染是呼吸道传播疾病的主要原因。微生物可附着于尘埃、飞沫小滴以及小滴核上。并以它们作为介质进入体内而引起疾病。易感者只要与传染源有短时间的接触即有可能发病。
病原微生物通过空气传播的疾病主要有：肺结核、肺炎链球菌肺炎、流行性脑脊髓膜炎、白喉、百日咳、流行性感冒，流行性腮腺炎、麻疹、天花、水痘、农民肺等。
移动厕所空气内的微生物杀灭，可采用上述杀菌消毒方法。选用合适的设备或消毒剂，即可有效杀灭空气中的微生物。空气中的无机、有机污染物以及颗粒物等，则需要采用其他物理、化学、生物等方法。通过空气过滤、紫外线消毒以及加强室内通风换气等可改善室内空气污染状况。一般可采用以下方法对公厕内空气污染进行初步治理。
①通风室内通风方式有自然通风、机械通风和机械辅助自然通风几种形式，白然通风主要通过门、窗、通道实现。机械通风则通过风机和管道完成。定期开窗通风换气是一种经济有效的措施，机械通风也是一种改善室内空气质量的行之有效的方法，可在自然通风条件不具备的贵州移动厕所内安装排气扇。保持公厕内空气的流通和一定的新风量。潮湿温暖的环境。有利于微生物的生长繁殖。有效的通风可带来自然新鲜的空气，降低室内的温湿度，破坏菌类的生长环境，起到减少和杀灭的作用。同时良好的通风还可有效降低室内空气中其他有害物浓度。减少异味，增加空气新鲜度。大大改善室内空气质量。
②绿色植物除作为观赏和美化环境点缀之用。还具有净化空气、杀菌吸尘的功效。
通常用于改善家庭或办公室的空气质量。具备条件的公厕，可摆放具有吸尘、杀菌作用的天然绿色植物，如桂花等有较强的吸尘作用。薄荷有抵抗臭气和杀菌的作用。用绿色植物改善室内空气质量也是一种行之有效的途径。
③空气消毒法可采用适当的消毒剂，用一定剂量喷洒在空气中，对公厕内空气进行定期消毒，也可有效杀灭病菌等微生物，并可一定程度减少颗粒物等污染物。采用紫外线消毒法。也可有效地杀灭空气中的致病微生物。但采用空气消毒法时。必须采取安全措施，一般应在无人的时候使用。
